Real time pcr amplification plot qpcr real time pcr

SARS-CoV-2 PCR: Wat is een Ct-waarde?

09-11-2020

Wat is een Ct-waarde?

Polymerase Chain Reaction of PCR is is een moleculaire detectietechniek die genetisch materiaal selectief kan amplificeren tot detecteerbare of meetbare hoeveelheden. Deze techniek vereist eerst een voorbereiding van het staal (extractie), waarbij het genetisch materiaal (RNA/DNA) uit het staal wordt geëxtraheerd.

Hierna kan de eigenlijke PCR reactie doorgaan. De target genen (genen van het virus of de bacterie die we willen detecteren) worden selectief geamplificeerd. Dit gebeurt door het herhalen van steeds dezelfde cyclus (+- 40 keer), waardoor de target genen exponentieel worden gekopieerd:

Hierdoor wordt genetisch materiaal dat slechts in kleine hoeveelheden aanwezig is, detecteerbaar. Detectie gebeurt door middel van fluorescentie. Het aantal cycli van de PCR reactie dat nodig is om het fluorescentiesignaal boven de detectiegrens te laten stijgen, is de Cycle Treshold (Ct) waarde die wordt gerapporteerd. Hoe minder cycli (lage Ct) nodig om de target genen te detecteren, hoe sterker positief het staal. Hoe meer cycli (hoge Ct) nodig om de target genen te detecteren, hoe zwakker positief het staal. Bij een negatief staal kunnen geen genen gedetecteerd worden, zelfs niet na 35-45 cycli.

Interpretatie van een Ct-waarde

Een lage Ct houdt dus in dat een hoge virale lading werd gedetecteerd bij de patiënt. Deze patiënten zijn zeer besmettelijk en moeten zich strikt isoleren. Ct-waarden van 16 en lager worden gezien bij de zogenaamde ‘superverspreiders’.

Hoge Ct waarden (> 30) worden gezien op het einde van een infectie, maar kunnen ook heel vroeg na besmetting gezien worden (bv bij testing vooraleer symptomen optreden). Ook de kwaliteit van de staalname (geen diepe wisser) of het type staal (bv speeksel ipv wisser) kunnen hoge Ct waarden opleveren. De interpretatie van een Ct waarden moet dus steeds gebeuren in functie van de kliniek en de reden van testing.