De “Britse variant”: Impact op diagnostiek

12-01-2021

Achtergrond

Sinds december 2020 is er meer uitgesproken aandacht voor de verschillende genetische varianten van SARS-CoV-2. Een hoge graad van mutatie gedreven door selectieve druk is heel normaal in (RNA-)virussen. De B117 variant (in de volksmond “Britse variant”) heeft recent voor heel wat economische en epidemiologische consequenties gezorgd. De exacte prevalentie van deze variant is op dit moment ongekend, maar onderzoek heeft alvast aangetoond dat deze een significant hogere transmissie vertoont dan andere circulerende varianten.

De B117 of VUI-202012/01 variant

De B117 variant (door de Britse NHS benoemd als VUI-202012/01) vertoont 17 mutaties t.o.v. het oorspronkelijke genotype in oa. het ORF1ab, ORF8, het N-gen en het S-gen. ORF8 deleties werden voorheen reeds in verband gebracht met “superverspreiders” aangezien het ORF8-gen mogelijk verantwoordelijk zou zijn voor het vertragen van de verspreiding van het virus. Naast een ORF8 deletie, vertoont de variant ook een deletie in het S-gen (69-70del), welke belangrijke implicaties heeft voor de diagnostiek (cfr. lager).

Keuze van PCR-techniek en targets

PCR-testen maken gebruik van primers die specifieke regio’s op bepaalde genen amplificeren. Sommige assays hebben slechts 1 target-gen (single-plex), terwijl andere assays sequenties op verschillende genen detecteren (multiplex assay). De reden waarom multiplex PCR technieken gebruikt worden, is om in geval van mutatie in hun specifieke targets, een betrouwbare assay te behouden. Een mutatie kan immers leiden tot een “drop-out” in de detectie van bepaalde genen (vals negatieven!).

Bovendien stelt een multplex PCR het laboratorium in staat te screenen voor genetische varianten. In Labo Maenhout wordt gebruik gemaakt van een multiplex assay gericht tegen het ORF1ab-, N- en S-gen. Een drop-out van S-gen-detectie wordt gezien bij de B117 variant, wat het laboratorium in staat stelt deze variant op te sporen. Aangezien de B117 variant niet de enige is die voor een drop-out in het S-gen kan zorgen, zullen deze stalen ter bevestiging naar het Nationale referentiecentrum in Leuven gestuurd worden.